Koi de Senkyo de chocolate sigue el protagonista Yuuki Oojima, que asiste a la academia privada Takafuji, que es una mega-escuela con más de 6.000 estudiantes. Yuuki es un miembro del club de cocina, junto con otras siete personas, incluyendo a su amigo de la infancia Sumiyoshi Chisato. Los miembros pasan tranquilamente su tiempo en el club sin hacer muchas actividades.